目前尚无特异性的内镜、生化、解剖、微生物或组织学发现来阐释其病因,不过大多数人认为肠易激综合征 (IBS) 最可能是一个多因素疾病。一直以来它都被认为可能与胃肠动力改变有关。IBS 所伴发的炎症性肠病,或在某一次细菌或寄生虫痢疾后起病等事实,又促成了认为其存在炎症或免疫基础的假说,不过在单纯性 IBS 患者中,黏膜活检是正常的。肠道微生物群似乎在包括 IBS 在内的功能性肠病中有重要作用,其机制包括其对某些食物的影响(特别是碳水化合物)和对上皮屏障完整性以及肠道内分泌信号通路的影响。尽管确切的微生物特征还未确定,但 IBS 属于那些似乎由肠道菌群失调和多样性减少所致疾病之一。[14][15]部分肠易激综合征 (IBS) 患者,尤其是有腹胀的患者,都存在细菌过度生长。重要的是,压力和情绪紧张常会触发 IBS 发作,不过目前还没有发现特定与IBS相关的性格特点或精神疾病。
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