病因学
虽然喂养障碍通常在病因上具有多个因素参与，但针对早产儿和足月儿可大体分为：
神经系统、神经肌肉和神经发育精神障碍：缺氧缺血性脑病、脑瘫、脊肌萎缩症、先天性强直性肌营养不良、重症肌无力和肌肉萎缩症。发育延迟的婴儿发生喂养困难的概率比发育正常的儿童高两倍。[7]
解剖学异常：唇裂或腭裂、结舌（舌系带过短）、幽门狭窄、气管-食管瘘、
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: H 型气管食管瘘。CXR/导管内造影是将不透射线的染料注射到位于食管中的 鼻胃管中，从而展示染料分散到肺野分区的情况。在胃中也会发现染色由 Dr Stephanie Gill 提供 [Citation ends]. 腹裂（腹壁先天性裂），
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: 腹裂（先天性腹壁裂痕）的即紧急治疗管理：用硅胶袋容纳肠管。虽然接受过早期手术矫正，但是这些婴儿仍然面临较高的运动障碍和喂养问题的风险由 Dr Stephanie Gill 提供 [Citation ends]. 以及食管狭窄/闭锁。
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: 在钡餐中可见扩张的囊袋和吻合段狭窄。食管狭窄是法洛四联症修复术的并发症，有必要进行反复的食管扩张，并且这些婴儿具有患上严重喂养问题的风险由 Dr Stephanie Gill 提供 [Citation ends]. 在一支大型美国儿科喂养研究团队收治的转诊患者中，结构化异常患者占 60%。[8]手术问题：瘘口形成、短肠综合征和食管裂孔疝。
生理问题：胃食管反流病 (GORD)、绞痛和肠转运慢。GORD 是复查中最常见的病情，一个美国多学科喂养研究团队评估对349 名儿童进行了评估发现，[4]在欧洲专科会诊团队收治的转诊患者中，有 33% 的患儿患有此病。[2]在另一项研究中，GORD 是婴儿入院的第七大常见病因，并可导致单个患者的多次入院。[11]报告显示，67% 的正常婴儿会出现反流而无其他症状。[9]据报告，16% 至 26% 的婴儿在出生后的前几个月均会出现绞痛。[12]
免疫性疾病：牛奶蛋白过敏（见于 0.3% 至 7.5% 的足月儿[13][14][15]）、乳糜泻以及乳糖不耐受（原发性和继发性）。
基因疾病包括唐氏综合征和皮尔罗宾综合征：占欧洲喂养专科会诊团队收治的转诊患者的 9%。[2]
疾病情况（例如先天性心脏病或慢性肺疾病）容易引发喂养困难。[4]
行为问题：拒绝食物、外伤后喂养障碍、感觉性食物厌恶以及过量喂食。即使婴儿具有器质性病变，婴儿对喂食的习得反应以及看护者的后续行动也可对喂养障碍造成相当大的影响。据报告，一支美国喂养医疗团队发现 80% 的儿童在出现喂养问题时，往往并发行为问题。[8]但是，单纯行为问题而没有并发医疗问题的情况较少见（10%~18%）。[2][8]
与足月出生的婴儿相比，喂养障碍更常发于早产儿：
肠转运慢，尤其是出生时存在宫内发育缓慢情况的婴儿。
病理生理学
神经性和神经肌肉问题可导致吮吸、吞咽以及呼吸排序协调欠佳。这可导致在喂养上占用时间过多（影响饱足感、消化能力和饥饿感）、[2][17] 误吸风险增高，[9][17] 以及无法获得独自进食所需的口舌运动技能。[17]
解剖学问题（例如小颌畸形、唇裂和腭裂）会中断正常颅面解剖构造，导致婴儿无法有效吸吮。
生理问题（例如 GORD）的病因是肌肉组织未成熟以及胃-食管括约肌的短暂性松弛，主要在流质食物和仰卧位时出现。[13][16] GORD 还可见于胃-食管连接部的正常解剖构造中断的患者（例如，食管裂孔疝修补术后）。
因为婴儿的肠黏膜屏障未成熟，免疫性疾病（例如牛奶蛋白过敏）往往会被认为更常发于婴儿。[18]延迟发作的（细胞介导）反应和更为急性的（IgE 介导）反应均有描述。[18][19][20]
早产儿在神经方面均未成熟，因此通常他们在 34 周校正妊娠年龄前都无法协调吮吸、吞咽和呼吸三者之间的顺序。[17]肠未成熟导致转运时间更慢并容易患坏死性小肠结肠炎。如果婴儿在患坏死性小肠结肠炎后，出现短肠综合征或瘘口形成的表现，则该患儿可能在相当长一段时间内要依靠胃肠外营养。诸如拒绝食物等行为问题与进食逆反有关，原因是经口胃管和气管导管的不适刺激。[2]
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