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阿托伐醌 : 儿童：每 12 小时口服 20 mg/kg（每剂最大剂量不超过 750 mg）；成人：每 12 小时口服 750 mg
和
阿奇霉素 : 儿童：第一天 10 mg/kg，口服（最大剂量不超过 500 mg），之后 5 mg/kg，口服（每剂最大剂量不超过 250 mg），每日一次；成人：第一天 500-1000 mg，口服，之后 250 mg，口服，每日一次
或
克林霉素 : 儿童：7-10 mg/kg，口服，每 8 小时一次（每剂最大剂量不超过 600 mg）；成人：600 mg，口服，每 8 小时一次
和
硫酸奎宁 : 儿童：8 mg/kg，口服，每 8 小时一次；成人：650 mg，口服，每 6-8 小时一次
确诊患有巴贝虫病但无需住院的患者，应联合使用阿奇霉素加阿托伐醌或奎宁加克林霉素进行为期 7-10 天的治疗。[6][27]证据 A
克林霉素和奎宁联合用药，是第一种广泛用于治疗巴贝虫病的疗法，其常见治疗副作用有：耳鸣、眩晕和胃肠不适。因此，阿奇霉素和阿托伐醌联合用药更常用于无致命威胁病情的患者。
治疗开始后 48 小时内，临床症状应开始改善，且治疗开始后 3 个月内症状应完全消除。
在证实寄生虫血症清除前，患者应避免献血。
克林霉素 : 儿童：每 6-8 小时静脉注射 7-10 mg/kg（每剂最大剂量不超过 600 mg）；成人：每 6 小时静脉注射 300-600 mg。
和
硫酸奎宁 : 儿童：8 mg/kg，口服，每 8 小时一次；成人：650 mg，口服，每 6-8 小时一次
确诊为巴贝虫病的病情为中重度的患者需接受静脉注射克林霉素和口服奎宁联合用药至少 7-10 天。[6][27]证据 B
对于寄生虫血症水平非常高或有严重或持久性症状的患者，可能需要长期抗微生物治疗，但还未采用对照研究对长期治疗进行评估。一项研究支持对免疫功能受损患者进行最短 6 周的治疗。[27]
病情为中重度的患者可能感染分歧巴贝虫和分歧巴贝虫样种属（如 MO-1），而不是感染田鼠巴贝虫。此类感染为医疗急症，应按医疗急症进行治疗。应请危重症专家和传染病专家会诊。可能需要进行积极的支持性治疗。
治疗期间密切监测患者，以确保临床症状得到改善，寄生虫血症减轻以及其他实验室异常（如贫血或肾功能障碍）得到改善。
阿托伐醌 : 儿童：每 12 小时口服 20 mg/kg（每剂最大剂量不超过 750 mg）；成人：每 12 小时口服 750 mg
和
阿奇霉素 : 儿童：第一天 10 mg/kg，口服（最大剂量不超过 500 mg），之后 5 mg/kg，口服（每剂最大剂量不超过 250 mg），每日一次；成人：第一天 500-1000 mg，口服，之后 250 mg，口服，每日一次。免疫功能受损患者可能使用较高剂量（每日 600-1000 mg）
或
克林霉素 : 儿童：每 6-8 小时口服/静脉注射 7-10 mg/kg（每剂最大剂量不超过 600 mg）；成人：每 6 小时口服/静脉注射 300-600 mg
和
硫酸奎宁 : 儿童：8 mg/kg，口服，每 8 小时一次；成人：650 mg，口服，每 6-8 小时一次
在免疫功能受损的患者（尤其是携带 HIV 的患者）中，常见复发性或长期性寄生虫血症。
建议请传染病专家会诊。[6]
若初始治疗超过 3 个月以后，血样涂片显示寄生虫或 PCR 检测到巴贝虫 DNA，则无论是否具有症状，都可能需要按复发病情的严重程度，再次进行巴贝虫治疗。[6]证据 B
病情轻微的患者应以阿奇霉素加阿托伐醌或奎宁加克林霉素联合用药 7-10 天进行治疗。
病情为中重度的患者应接受静脉注射克林霉素加口服奎宁联合用药治疗至少 7-10 天。
对于寄生虫血症水平很高或有严重或持久性症状的患者，可能需要长期抗微生物治疗，但还未采用对照研究对长期治疗进行评估。
有研究表明，某些免疫功能重度受损的患者对治疗有一定的抗性，可能需要多疗程治疗。[28]在这些病例中，需要使用阿奇霉素加阿托伐醌进行长期治疗。对于免疫功能受损的患者，可能需要增加阿奇霉素剂量（600-1000 mg/天）。[6]
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