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在隔离期间，对所有疑似埃博拉病毒感染患者都应进行此项检测。[90]
与酶联免疫吸附测定试验相比，可以提前 24-48 小时出结果。
现有几种不同的市售 PCR 试剂盒可用，其敏感性、特异性和检测限制各异。[91]
在西方国家，仅地区或国家实验室（配有 4 级设备）可以进行此项试验。[10] 在流行区和一些国家，会在地方一级建立 4 级实验室，从而使得在样本送达后的 4 个小时内出结果。
在症状出现后的 3 天，最晚可在症状发作后的 6-17 天，对患者的血液样本进行 RT-PCR 可检测到病毒 RNA。聚合酶链反应结果呈阳性意味着患者可能感染，尤其当其存在活动性腹泻、呕吐或出血时。
如果聚合酶链反应结果呈阴性，则应在 48 小时内重新进行试验，原因在于病程早期的病毒载量低，可能检测不到。如果强烈怀疑感染，如果检测结果呈阴性，为了排除诊断，应重复进行检测，为了证实感染痊愈，也应获得重复的阴性检查结果。[90]
埃博拉病毒 RNA 检测阳性
厚型及薄型吉姆萨染色血液涂片和快速诊断试验皆可用来进行疟疾筛查。
阴性结果提示在恰当的流行病学背景下更可能为埃博拉病毒感染；然而 2014 年疫情暴发期间，在西非多达 5% 的患者中发现了疟疾合并感染，因此对所有患者都应考虑双重感染的可能性。[75]
阴性（如果发生双重感染，则可能是阳性）
在其他检查手段有限的地区，是一项需进行的重要试验（如果可用）。
可能提示急性肾损伤。[94]
特别适用于腹泻和呕吐患者。
在 2014 年暴发期间，约 33% 的病例出现因呕吐和腹泻或急性肾损伤导致的低钾血症或高钾血症。[75]
低钙血症已被证实与致命性感染具有相关性。[16]
有助于指导纠正电解质紊乱和补液。
可能异常
可能升高
在其他检查手段有限的地区，是一项需进行的重要试验（如果可用）。
血乳酸水平升高是组织低灌注的标志，同时也是休克的一种指标。在具有脓毒症体征的危重患者中，这有助于确定全身性低灌注的程度，并指导液体复苏。[95]
一名在德国接受治疗患者的乳酸水平升高是第 15 天时发生革兰阴性脓毒症的一种指标。[37]
存在差异
在具有脓毒症体征的急性发病患者中，动脉或静脉血液 pH 值和碳酸氢根离子水平检测有助于识别全身性低灌注程度和指导液体复苏。[95]
存在差异
血小板计数下降和淋巴细胞显著减少可见于感染初期；然而，这不具有诊断意义。在最终康复的患者中，这经常出现在感染较晚期中性粒细胞白细胞增多后，伴有血小板减少正常化。白细胞增多可能会持续存在，并显示出未成熟形态。[16]
重度疾病患者的血小板计数可能会逐渐下降，这是弥散性血管内凝血 (DIC) 的一种表现。
在 2014 年暴发的疫情中，据报告，24% 的患者有血红蛋白水平降低，[75] 在以往暴发期间，该情况与出血有关。[16]
血小板减少，淋巴细胞显著减少；血红蛋白水平下降（如果有出血表现）
凝血酶原时间延长或活化部分凝血活酶时间延长，D-二聚体水平升高（如果有出血表现）
或许可见血尿和/或蛋白尿
丙氨酸氨基转移酶 (ALT) 和天冬氨酸氨基转移酶 (AST) 水平通常都会升高；然而，大多数研究显示，AST 的升高与 ALT 不成比例，这更加提示系统性组织损伤，而非肝细胞性损伤。[75]
在致命性病例中，AST:ALT 比值在感染后 6-8 天达到 15:1 的峰值，而非致命性病例的峰值为 5:1。[8][16][96]
胆红素、谷氨酰转移酶和碱性磷酸酶往往稍有升高。丙氨酸氨基转移酶水平大幅升高和重度黄疽提示为其他诊断（例如病毒性肝炎）。
AST:ALT 比值高；胆红素、谷氨酰转移酶和碱性磷酸酶可能略有升高
血清淀粉酶水平升高在若干研究中曾有报告，提示患有胰腺炎（重度感染的一种指标）。[16]
可能升高
血培养阴性是有帮助的，因为能据此排除其他非病毒性感染病因（例如脓毒症、肠热症 [伤寒]）。
革兰阴性菌菌血症（推测由肠道菌群移位引起）被确定为两位患者病程中的一种并发症。[97][37] 然而，在塞拉利昂开展的一项研究中，对入住埃博拉治疗中心的患者在入院时进行血液培养，发现 22 份培养物中只有一份呈阳性，并且推测为污染。[98]
因此，应当在基线期和/或出现胃肠症状或其他临床症状恶化时采集血液进行培养。
阴性
一种具有高特异性的有用诊断试验；然而，它并不是普遍可用的。与逆转录聚合酶链反应阳性联合可用于证实诊断。
感染后 3-6 天进行的试验结果最有可能是阳性的，感染后 7-16 天进行的试验结果存在很大差异。[42]
埃博拉病毒抗体阳性
在感染较晚期有用。
感染后早至 2 天，即可从血清中检测到 IgM 抗体，但在感染后长达 9 天，该检测结果的差异性很大。它们会在症状发作后的 30-168 天内转变为阴性。IgG 反应会在感染后的 6-18 天出现，并可持续数年。[42]
IgM 检测呈阳性或者 IgG 滴度升高都是近期发生埃博拉病毒感染的强有力证据。
阳性
阴性
埃博拉病毒感染的快速聚合酶链反应试验依然是有效的针对性隔离感染患者的主要障碍。附近的一所设备齐全的实验室开展试验所需的平均时间为 4 个小时，而偏远地区可能需要几天的时间才能出结果。这意味着，在试验结果被证实为阴性之前，除埃博拉病毒感染之外的发热疾病患者也会被强制隔离，并且往往会在不经意间接触到病毒。
因此，在治疗中心，快速床旁检测能对感染控制发挥巨大作用。
世界卫生组织正在评估若干现场条件下使用的不同技术。这些技术包括多种基于逆转录聚合酶链反应 (RT-PCR) 的试验，这些试验更易于使用，且出报告的时间更短（＜1 小时）。WHO 已将 ReEBOV™ 抗原快速检测试剂盒列入可能使用的检测试剂盒清单；然而，目前建议仅在特殊情况下使用。World Health Organization (WHO): interim guidance on the use of rapid Ebola antigen detection tests
替代选择是基于酶联免疫吸附测定的抗原检测试验，这些试验可能仅需要一滴血液，因而检测速度更快，操作更简单。这些试验的主要劣势是敏感性较低，特别是在疾病初期。[100]
使用纳米孔技术可能可以在病毒水平极低的情况下快速检测和测序，并且有可能借助袖珍型检测试剂盒开展。[102][103][104]
GeneXpert® 诊断工具 (Xpert® Ebola) 已在该领域中试用；该工具是一种自动化的检测盒系统，操作起来只需极少的实验室技能。将灭活样本置于一次性的检测盒中，然后将检测盒放入封闭的机器即可。样本制备、核酸扩增与检测以及结果生成都是自动化的过程，最大化地降低了员工培训需求、感染风险和交叉污染。[105]这项检查方法被实际应用于 2018 年刚果共和国的疫情暴发中。
美国食品药品监督管理局已批准了一种快速、一次性检测扎伊尔型埃博拉病毒的检查。这是紧急使用授权批准的第二种快速抗原指尖检测，但也是首个使用便携式电池读数器的检测法，可在实验室外提供检测结果。[107]
这是一个正在快速发展的领域，多种试剂盒已经获得批准，将在相应的的国家/地区被投入使用。WHO 和美国食品药品监督管理局 (FDA) 提供了相关建议：World Health Organization (WHO): Ebola vaccines, therapies, and diagnosticsFood and Drug Administration (FDA): 2014 Ebola virus emergency use authorizations
埃博拉病毒检测阳性
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