鉴别诊断
急性肺部芽生菌病常被误认为社区获得性肺炎。抗菌治疗无效以及肺外表现是病因线索。
胸部 X 线检查上发现的芽生菌病相对于社区获得性肺炎而言，可能不具有典型性，且包含有肿块样或空洞性病变，或弥散性间质性浸润。
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: 胸部 X 线片上伴局灶性浸润的肺芽生菌病亚利桑那州斯科茨代尔，梅奥医学中心，传染病科，医学副教授，Robert Orenstein 医生，DO [Citation ends].
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: 胸部 X 线检查上的粟粒性肺芽生菌病亚利桑那州斯科茨代尔，梅奥医学中心，传染病科，医学副教授，Robert Orenstein 医生，DO [Citation ends].
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: 胸部 X 线检查上，播散性芽生菌病中网状结节发现结果的特写Larry Baddour, MD 个人文件 [Citation ends].
组织胞浆菌病和芽生菌病的许多临床表现相同，疫区也在很大程度上重合。
然而，相比于组织胞浆菌病，芽生菌病中的痰通常为化脓性的。
这两种疾病间的差异往往取决于培养数据。组织胞浆菌酵母通常较小，是窄基芽殖，并见于临床样本巨噬细胞内。这两种病原体间的血清学和抗原检测存在一定的交叉反应。
球孢子菌病和芽生菌病的许多临床表现相同，疫区也在很大程度上重合。然而，球孢子菌病也是美国西南部沙漠地区的地方流行病。
血清学试验对球孢子菌病的敏感性高于对芽生菌病的敏感性，病理样本中的酵母表现为特征性微球。
副球孢子菌病
急性/亚急性副球孢子菌病更常表现为淋巴结肿大、肝脾肿大和骨髓功能障碍，而慢性副球孢子菌病通常表现为干咳和呼吸困难。
副球孢子菌病也是美国中南部的地方流行病。
副球孢子菌属酵母通常比皮炎芽生菌小，细胞壁更薄，在水手轮形成时可见母细胞周围环绕多个小芽殖酵母。[22]
孢子丝菌病皮肤病变的外观类似于芽生菌病。然而，淋巴结炎（一般为结节性以及亚急性至慢性）是孢子丝菌病的疾病特征。
对皮肤活组织检查样本进行微生物学和病理学检查，可作出诊断。
诺卡菌病和芽生菌病的许多临床特征相同。诺卡菌更常见于免疫功能受损人群，在全世界均有分布。
对诺卡菌临床样本进行微生物学检查，可发现较薄且出现分支的革兰氏阳性菌，改良抗酸染色呈阳性。诺卡菌种属培养可确诊。
恶性肿瘤
芽生菌病的肺部、皮肤、骨关节和 CNS 临床表现均会被误诊为原发性或转移性肿瘤。
对组织样本进行病理学检查可确诊或排除恶性肿瘤。
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