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梅毒与生殖器溃疡表现不同，然而，由梅毒引起的硬下疳其边缘有所不同，并且腹股沟淋巴结病常为双侧且无触痛。
性病淋巴肉芽肿 (LGV) 诊断时，要始终进行快速血浆反应试验，或验证性荧光梅毒螺旋体抗体吸收试验。 对一期梅毒硬下疳拭子进行暗视野显微镜检查，可能会发现密螺旋体。[14]
特别是对于与男性发生肛交性行为的女性和男性 (MSM)，常伴有淋球菌传播，虽然通常无症状，但是在直肠炎早期其急性表现与 LGV 十分相似。但当 LGV 进展至晚期时，其显著特点为肉芽肿性炎症、腔道狭窄以及慢性溃疡。[27]
可通过送检拭子培养、革兰染色、核酸扩增检测或 DNA 探针检测淋球菌进行诊断。
单纯疱疹病毒通常表现为疼痛性囊泡伴溃疡，而 LGV 初期溃疡处无痛感。 生殖器疱疹通常也导致双侧腹股沟淋巴结病，而LGV 则常为单侧腹股沟淋巴结病。
单纯疱疹病毒可通过拭子组织培养分离，或经 PCR 鉴别。 Tzanck 涂片上也可见细胞学改变。[28]
软下疳与 LGV 的不同之处在于，前者具有明显的多发疼痛性丘疹，并且丘疹可快速化脓渗出。
革兰染色（革兰阴性杆菌，呈“鱼群”样排列）和度克雷嗜血杆菌培养常有所帮助，但其特异性和检出率较差。可用 PCR 检测。[28]
与 LGV 相似，溃疡病变无痛，但是腹股沟肉芽肿于皮下扩散，且在进展时不伴有淋巴腺炎。 生殖器损害处血管丰富，易于破损合并。
组织或活检样品发现杜氏体暗斑可明确诊断。 培养基常规分离较困难。[28]
淋巴丝虫病的不同之处在于腹股沟淋巴结病出现于流行区；然而，四肢瘙痒以及皮肤病变表明寄生虫感染，而不是 LGV。
在血液中可检测到造成淋巴丝虫病的微小丝虫。 若在夜间不能进行血液检测，则可给予乙胺嗪，使夜间周期性活动的丝虫在白天进入血液循环进行检测。
虽然局部淋巴结肿大是猫抓病最具代表性的特征，但大部分患者称近期内接触过幼猫。
通过淋巴结 PCR 检测可确诊，但是结合临床发现，初步检查一般为血清学检测。[29]
土拉菌病通常通过接触蜱虫或动物传播。 在侵入口，土拉菌病可能呈现溃疡腺症状，但是原发皮损常为丘疹，丘疹处细胞发生坏死，进而发展成疼痛性溃疡。 在此之前、同时或之后可能伴有局部淋巴结病变。 LGV 中，初期溃疡后才会出现淋巴结病变，且溃疡无痛感可消退。
土拉弗朗西斯菌偶尔可从血液、淋巴结或伤口中分离，但由于其对实验人员的危害较大，且其本身可被用作生物恐怖性武器，因此如果疑似该病菌感染，实验人员应多加小心。使用血清学和 PCR 检测可快速诊断。[30]
鼠疫致腹股沟淋巴结肿大的患者为急性发病。 腹股沟淋巴结肿大轻微压痛且发展迅速。
鼠疫菌可自血液或皮肤损伤处拭子培养分离。但由于其对实验人员的危害较大，且其本身可用作生物恐怖性武器，因此如果疑似该病菌感染，实验人员应多加小心。对疑似病例，但培养呈阴性的患者可进行血清学检查。[31]
LGV 和肺结核都有引起慢性鼻窦炎倾向，尤其是 HIV 阳性者，肺外肺结核可累及泌尿生殖器、胃肠道，或者以淋巴腺炎（淋巴结核）等形式出现。 通常，全身性分支杆菌感染与血源性扩散和全身性症状有关。
结核菌素皮试或纯化蛋白衍生物检测通常呈阳性。 确定性诊断需要手术样本抗酸染色活检，和/或培养。
在流行地区发生直肠结肠炎的 MSM 患者中，溶组织内阿米巴感染可能与 LGV 类似。[32] 侵袭性疾病的主要体征症状包括腹泻、痢疾、粪便血色素阳性。
粪便中直接检出寄生虫，可明确阿米巴直肠结肠炎诊断。
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