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患者出现以上腹部为中心的慢性或反复发作的腹痛或腹部不适，通常与进食相关。可能有服用非甾体抗炎药以及使用抗酸药物以减轻不适的病史。
消化性十二指肠炎与胃酸导致的损伤有关，引发一系列黏膜的组织学改变，可能很难与乳糜泻所见改变相区别。[50] 因此，应在十二指肠球部和十二指肠的第二段或第三段取活检（这里相对不易受消化性损伤）。来自十二指肠球部和远端的活检标本应置于单独的瓶子中，送交以进行病理检查。
克罗恩病可影响胃肠道的任何部分，且症状迥异。
组织学检查的典型发现包括肉芽肿、溃疡以及急性和慢性炎症，经常会累及肠壁各层。
组织型谷氨酰胺转移酶血清学检查结果通常为阴性，并且采用无麸质饮食无效。
贾第鞭毛虫病是由一种水生寄生虫蓝氏贾弟鞭毛虫感染所导致的腹泻性疾病。有污染水源暴露史可提示诊断。[51]
一般多个粪便样本都显示有寄生虫。其他检测方法包括使用酶免疫分析法进行抗原检测，以及使用免疫荧光法进行寄生虫检测。[51]
病史可能显示曾患有使患者的肠道解剖、肠道运动功能和胃酸分泌发生改变的疾病（例如，使用质子泵抑制剂或肠内解剖结构异常，包括肠瘘、憩室、以及手术后产生的盲袢）。[52]
确诊性的检查需进行空肠液培养，细菌数应超过 10⁵/mL。氢呼吸试验可检测吸收不良，但对细菌过度生长的检测不是非常敏感，也没有很高的特异性。尝试给予 1 周的抗生素治疗可能得出诊断。[53]
在一些儿童患者中，乳糜泻的临床表现先是出现与急性胃肠炎非常相似的临床发作，后期则存在迁延不愈的长期腹泻。这可能与长期轮状病毒感染[54] 或短期乳糖不耐受症有关。
通常无需进行检查。
嗜酸性肠炎可能会影响消化道的任何部分，并可能出现贫血、腹泻、腹痛和体重减轻。虽然经常会分离出线虫感染，但通常无法确定病因。[55]
对受累肠道进行肠镜或腹腔镜活组织检查，如组织学检测显示嗜酸性粒细胞浸润，即可做出诊断。[55]
热带口炎性腹泻是一种导致小肠绒毛进行性萎缩的疾病，类似于乳糜泻。据说是由一种尚未明确的感染所诱发或导致迁延不愈。仍住在或返回热带流行地区的患者，接受过治疗后仍有相当的复发率。[56]
给予 6 个月的四环素治疗可使小肠黏膜结构恢复正常。[56]
CVID 和相关疾病有反复感染史。
组织转谷氨酰胺酶血清学检查呈阴性以及免疫球蛋白水平下降可提示存在免疫缺陷。
移植物抗宿主病 (GVHD) 可见于任何器官移植后，但最常见于骨髓移植后。如果出现 GVHD，患者在移植后大约 3 周时会有大量水样腹泻。[57]
如内镜活组织检查显示肠隐窝内凋亡的上皮细胞数量增多，则具有诊断意义。[57]
临床上和病理学上与乳糜泻难以区分。
奥美沙坦（一种血管紧张素 II 受体拮抗剂）与肠炎相关。[59]
也有与其他血管紧张素 II 受体拮抗剂和麦考酚酯相关的病例报告。[60]使用非甾体抗炎药也与淋巴浆细胞浸润和部分绒毛萎缩有关。
组织转谷氨酰胺酶血清学检查正常。
一旦停用致病药物，症状就会减轻。
可能与乳糜泻有相似的症状，进食无麸质饮食后会有所改善。不应该出现任何绒毛萎缩。
组织转谷氨酰胺酶血清学检查始终正常。全血细胞计数 (FBC) 和铁水平也保持正常，因为该疾病不会诱发吸收不良。小肠组织学检查正常。在进食无麸质饮食 6 周（或更短）后，症状得到改善，并且在重新食用麸质饮食后复发。
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