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脱氧胆酸盐两性霉素B : 0.7~1mg/kg/d，静脉注射，持续2周
或
两性霉素B脂质体 : 4~6mg/kg/d，静脉注射，持续2周
-- 和 --
氟胞嘧啶 : 100mg/kg/d，口服，分次服用，每6小时1次，持续2周
或
氟康唑 : 800mg，口服/静脉注射，每日1次，持续2周
氟康唑 : 1200mg，口服，每日1次，持续2周
和
氟胞嘧啶 : 100mg/kg/d，口服，分次服用，每6小时1次，持续2周
氟康唑 : 1200mg，口服，每日1次，持续2周
一经确诊就开始治疗，因为未经治疗时均可致命。
隐球菌脑膜炎的最佳诱导治疗是静脉注射两性霉素 B 加氟胞嘧啶 2 周。若无法获得氟胞嘧啶，则应使用氟康唑作为替代。如果无法为患者提供两性霉素 B，此时推荐的治疗是大剂量氟康唑联合氟胞嘧啶。在两性霉素 B 和氟胞嘧啶都无法提供的情况下，推荐单独口服大剂量氟康唑。
用于 HIV 相关、移植相关和非 HIV、非移植性疾病推荐的诱导期和两性霉素 B 剂型有差异。在移植患者中倾向选用脂质配方。应密切监测肾功能及血液指标（尤其在HIV相关肾病中）。若患者无禁忌情况，则肾功能损伤程度可通过输注盐水或扩容来减轻。[96]
应监测患者体内的钾、镁含量变化，必要时进行纠正。
在开始两性霉素 B 治疗 2 周内 Hb 降低约 20%，[97]并可能需进行输血。血栓性静脉炎是常见情况。
一些专家建议，在用药后2h检测血清氟胞嘧啶水平，最佳水平为30~80μg/mL。[62]
与单用两性霉素 B 相比，两性霉素 B 和氟胞嘧啶联合应用与隐球菌脑膜炎的生存改善相关；然而，联合应用两性霉素 B 和氟康唑并不能带来生存获益。[76]
在HIV感染患者中，隐球菌性脑膜炎的治疗因免疫重构炎性综合征（概率约为每8例患者中有1例）的产生而变得复杂。[17]
已被诊断感染HIV的患者应持续进行抗逆转录病毒治疗。对于近期确诊患隐球菌脑膜炎的未经治疗的 HIV 感染患者，推迟 5 周再进行抗逆转录病毒治疗与在 1 到 2 周开始治疗相比，前者与更高的存活率相关，对脑脊髓液中白细胞不足的患者来说更是如此。[82]
针对经选择患者组全部患者的治疗推荐
氟康唑 : 400~800mg，口服，每日1次，持续8周
使用氟康唑进行巩固治疗。这种方法的基本原理是使用最强杀菌方案迅速控制感染，随后使用低毒性口服疗法进行持续治疗和预防复发，并且减少两性霉素 B 的剂量依赖毒性。
最佳的治疗巩固阶段为持续8周的口服氟康唑治疗。
两性霉素B脂质体 : 5mg/kg/d，静脉注射，持续4~6周
可为孤立性或作为播散性组织胞浆菌病的一部分。
初始疗法采用脂质体两性霉素 B 治疗 4 至 6 周。
对电解质进行监测（必要时补充）同时监测肾功能；脂质体配方治疗时的肾毒性小于脱氧胆酸盐配方治疗时的肾毒性。
等同于1L生理盐水的盐水输注结合扩容可降低肾毒性。
针对经选择患者组全部患者的治疗推荐
伊曲康唑 : 200mg，口服，每日2~3次
或
氟康唑 : 800mg，口服，每日1次
泊沙康唑 : 400 mg，口服（混悬液），每日两次
或
伏立康唑 : 第一天400mg，口服，每日2次；之后为200mg，每日2次。
可为孤立性或作为播散性组织胞浆菌病的一个部分。
维持疗法使用伊曲康唑。替代药物包括氟康唑或新型唑类抗真菌二线药物中的一种。
治疗持续至少1年，直至CSF恢复正常及CSF抗原（且最初呈阳性的血清与尿液抗原也为阴性）消失。
在HIV感染患者中，在持续至少1年的伊曲康唑治疗后，若HIV病毒负载受抑制且CD4计数大于150个细胞/mL，且若脑成像、CSF异常及CSF/血清/尿液抗原（若原先呈阳性）异常均已解决，则可安全停用。[87]
通常需要监测患者的伊曲康唑药物水平，以确保充分的药物吸收并评估依从性。若药物水平低需增加剂量、转用液体配方或转用氟康唑。[25]
氟康唑 : 400~1200mg，口服，每日1次
或
伊曲康唑 : 200mg，口服，每日2~3次
泊沙康唑 : 400 mg，口服（混悬液），每日两次
或
伏立康唑 : 第一天400mg，口服，每日2次；之后为200mg，每日2次。
一线治疗通常为氟康唑。[88]
目前，大多数专家使用的初始剂量为800~1200mg/d，但原始研究为400mg/d。
伊曲康唑是一种可接受的替代药物。对于对氟康唑或伊曲康唑具有不耐受性或无明显疗效的患者，替代口服药物为泊沙康唑及伏立康唑。[89][90][91]
对唑类抗真菌治疗存在疗效反应的患者应持续这一治疗，持续时间不定。
对唑类药物治疗无反应的患者，可进行两性霉素 B 鞘内注射，联合或不联合继续唑类药物治疗。
针对经选择患者组全部患者的治疗推荐
脱氧胆酸盐两性霉素B : 与主任医生会面，获得鞘内注射指导
一些专家开始两性霉素 B 鞘内注射联合初始氟康唑，认为该方法会出现更快速的反应。
现已报道使用剂量为 0.1 至 1.5 mg/剂，逐渐增加剂量直至不能耐受；[98]但是，应将患者转诊至主任医生以指导使用剂量。
脑积水患者通常需进行脑室分流器置入治疗。
针对经选择患者组全部患者的治疗推荐
氟康唑 : 400~1200mg，口服，每日1次
或
伊曲康唑 : 200mg，口服，每日2~3次
泊沙康唑 : 400 mg，口服（混悬液），每日两次
或
伏立康唑 : 第一天400mg，口服，每日2次；之后为200mg，每日2次。
对唑类抗真菌治疗存在疗效反应的患者应持续这一治疗，持续时间不定。
脱氧胆酸盐两性霉素B : 0.7~1mg/kg/d，静脉注射，持续2~6周
或
两性霉素B脂质体 : 4~6mg/kg/d，静脉注射，持续2~6周
-- 和 --
氟胞嘧啶 : 50~100mg/kg/d，口服，分次服用，每6小时1次，持续2~6周
在诊断确定后应立刻开始治疗，或者在重症疑似念珠菌性脑膜炎患者中，在等候诊断性检测结果时应根据临床经验开始治疗。
氟胞嘧啶能达到良好的 CSF 浓度，并且可在体外和实验感染中联合两性霉素 B 用于抗 念珠菌属。有肾脏损害的患者首选脂质体两性霉素 B。
氟胞嘧啶的骨髓和肝脏毒性作用必须仔细监测，最好采用频繁的氟胞嘧啶血清水平监测。[60]
必须密切监测接受两性霉素 B 患者的肾脏和血液学情况。若患者无禁忌情况，则输注盐水结合扩容可改善肾功能损伤情况。[96]需对电解质（钾和镁）进行监测，并在必要时进行治疗。
在开始两性霉素 B 治疗 2 周内 Hb 降低约 20%。[97]
在基线Hb水平低的患者中，可能要求进行输血。血栓性静脉炎是常见情况。
在存在念珠菌血症的神经外科患者中，若可能，则应移除假肢器官及感染的静脉内导管。
针对经选择患者组全部患者的治疗推荐
氟康唑 : 800mg，口服，每日1次
伏立康唑 : 200mg，口服，每日2次
可以考虑氟康唑的持续治疗，尤其是持续免疫抑制的患者或对两性霉素 B 和氟胞嘧啶有反应但已产生药物相关毒性的患者。维持治疗已被应用于HIV感染患者中。
对于具有氟康唑耐药性的菌群或念珠菌属，伏立康唑是一种替代药物。
因复发风险高，在所有感染相关体征及症状消除后应继续至少4周的治疗。停止抗真菌治疗前，应确保所有CSF分析及放射学检查结果正常。
在美国 2012 年污染甲泼尼龙引发的感染暴发事件之前，嘴突脐孢的人类感染极为罕见。关于该病的临床管理已知的信息极少，尤其是存在CNS感染的情况。
对于嘴突脐孢脑膜炎患者，建议进行最少 3 个月的抗真菌药物治疗，对于存在严重 CNS 累及（如蛛网膜炎）的患者，建议治疗时间可长达 1 年。[92]
然而，尽管已采用最佳疗程，有报告发现，在症状消除且 CSF WBC 计数正常之后仍有嘴突脐孢脑膜炎复发报道。[93]
对于复发性真菌性脑膜炎，需要长期抗真菌治疗。在一些病例（如球孢子菌性脑膜炎）中，根据感染的性质、抗真菌治疗停止后脑膜炎复发的频率、CNS相关症状的严重程度及个体潜在的免疫状态，可能需要进行终身抗真菌治疗。
进行治疗时需要与传染病专家进行讨论。[92]
伏立康唑 : 第 1 天，6 mg/kg，静脉使用，每 12 小时一次，然后 4 mg/kg，静脉使用，每 12 小时一次，当临床改善时可以转为口服疗法；200 mg，口服，每日两次
两性霉素 B 脂质复合物 : 5 mg/kg，静脉内给药，每日一次
伏立康唑被认为是主要的治疗选择；两性霉素 B 脂质配方仅用于那些不能耐受伏立康唑或伏立康唑治疗效果差的患者。[94]通常需要长期治疗，具体取决于临床反应和免疫状态。
鼻窦真菌感染的积极手术清创是药物疗法取得成功的关键。
鼻窦真菌感染的积极手术清创是药物疗法取得成功的关键。
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