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患者如果有因肠套叠引起肠梗阻的表现或体征应该进行手术治疗或保守治疗（例如空气灌肠）。在需要手术切除的病例中，息肉应该同肠段一起切除。如果肠梗阻一开始时保守治疗，以后应行内镜下息肉切除，虽然这一方案在成人不太可能实现。
无症状人群通过筛查或偶然发现，然后进行内镜切除结肠息肉的目的是为了从组织学上证实没有恶性肿瘤，同时可预防息肉在以后恶变。结肠镜切除腺瘤性息肉可预防因结直肠癌死亡。[54]
出血或引起其他症状的息肉一般均会经内镜诊断及切除。
内镜息肉切除术一般通过简单圈套切除或通过“热活检”（使用单极电切除息肉，同时电凝基底），但是根据息肉位置或形态的不同有些可能会有一定难度。
内镜黏膜切除（EMR）和内镜黏膜下剥离（ESD）是利用盐水注射使要被切除的黏膜抬高，然后通过抽吸或圈套切除黏膜及上部黏膜下层或黏膜下剥离的方法。
EMR和ESD对无蒂（扁平）息肉较有蒂息肉（有根）息肉更有用。
如果息肉在直肠较低位置或者其远端边界不能在内镜下安全切除时需要手术切除。
如果因为息肉位于直肠肛门交界而导致内镜切除在技术上有一定难度，则应该进行外科手术切除。
只有1到2个小的（<1 cm）低级别管状腺瘤患者应每5到10年进行结肠镜检查。[24]
对于散发增生性息肉不需要干预，因为他们不会进展为腺瘤或直结肠癌。[55]
如果发现较大（＞10mm）或较多（＞30个）增生性息肉，应该考虑增生性息肉病综合征。[56]它的癌变风险可能会增加，尽管目前没有确切指南，但许多患者会被建议行预防性结肠切除术联合回直肠吻合术。
在黏膜下注射盐水或透明质酸酶，息肉不易抬举，则高度怀疑浸润性恶性肿瘤。
根据结直肠癌的风险决定进行结肠镜监测的方案，这些风险取决于结肠镜发现息肉的形状、数目、大小，同时也由诸如年龄、家族史等因素决定。
3至10个腺瘤或者任何大于1cm的腺瘤，有高度不典型增生或绒毛表现时，应该在第3年时及时复查结肠镜。[24]
如果组织学证实息肉为恶性，则应按照已有的肿瘤外科原则手术切除息肉部位。
为了确保能够外科切除足够的近端和远端肠段，应该对切除部位（有时由于息肉本身太大而不能内镜切除）进行标记；在随后开腹或腹腔镜结直肠癌切除术时可以在肠壁上看到标记。
偶尔由于患者本身的伴发疾病或者患者的选择，不对一个完全切除过的早期恶性息肉再进行相应的肠段切除术。如果息肉不能完整切除，通常会被碎片样切除，一次切除一块；这样就破坏了组织排列，并且不能评估是否完全切除，可能仍需要及时手术。
有时候在术前使用新辅助放化疗。
根据结直肠癌的风险决定进行结肠镜监测的方案（当地癌随访监测系统），这些风险取决于结肠镜发现息肉的形状、数目、大小，同时也由诸如年龄、家族史等因素决定。
若息肉被零碎切除，应该根据病变性质间隔1、3或5年进行结肠镜检查。如果一个可疑息肉被切除但并没有进一步治疗，在6个月时应进行检查以确保息肉没有重新生长。
被碎片样切除的无蒂（扁平）息肉应该在2至6个月时复查确保完全切除。[24]
大肠可能长满了息肉，预防性结肠切除术对预防结直肠癌非常有必要。
首先需行结肠切除术联合回直肠吻合术，以避免排卵减少、生育力下降或勃起障碍，然后择期行直肠切除伴或不伴回肠贮袋术。
在完成直肠切除、回肠肛门贮袋术后，应对贮袋进行持续监测
对于要求把修复性结直肠切除术作为一线治疗的患者，或直肠息肉大于20个并因此保留直肠不安全的患者，可以把修复性结直肠切除术作为一线手术方式。
在修复性结直肠切除术后应对造袋进行持续监测。
根据息肉的位置和大小可选择结肠镜、推进式小肠镜、双气囊小肠镜，有时候也选择开腹手术。
息肉在距离回盲瓣几厘米的范围内，可以选择结肠镜切除息肉。如果息肉接近或者超过十二指肠第二部分，应该选择可推进式小肠镜或双气囊小肠镜。
如果息肉太大或太多，内镜无法安全及时切除时，应选择开腹手术，开腹手术应检查整个小肠并切除全部息肉。这种方式可以在一个部位切除超过一百个息肉。
根据结直肠癌的风险决定进行结肠镜监测的方案，这些风险取决于结肠镜发现息肉的形状、数目、大小，同时也由诸如年龄、家族史等因素决定。一个典型方案是每3年进行一次结肠镜、食管胃十二指肠镜和胶囊内镜检查。但是如果发现高风险息肉（数量、大小、高度不典型增生），应提高检查频率。
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