几乎所有甲型流感病毒的自然宿主都是野生的水禽(鸭、鹅)。到目前为止,已识别出的甲型流感病毒的 18 种血凝素和 11 种神经氨酸酶亚型,几乎全部(在蝙蝠中识别出的 H17N10、H18N11 除外)在鸟类中被识别出来。[73]其他动物也可以感染甲型流感病毒,包括猪、海洋哺乳动物、马、狗、猫和蝙蝠。
甲型禽流感病毒可以通过唾液酸α2,3半乳糖受体感染鸟类的呼吸道和胃肠道。[74][75]
甲型高致病性禽流感(HPAI)病毒在野生鸟类和家禽中可引起从无症状感染到致命的疾病。HPAI H5N1 病毒于 1959 年首次在苏格兰被发现。然而,在鸟类中流行的所有亚洲谱系 HPAI H5N1 病毒都起源于 1996 年在中国南方从一只病鹅识别出的 HPAI H5N1 病毒。
甲型流感病毒存在基因重组。既往引起过人类大流行的毒株,源自动物源性储蓄宿主出现基因突变 (1918 H1N1)、低致病性禽流感和季节性甲型流感病毒之间的基因重组(1957 年 H2N2,1968 年 H3N2),以及三重基因重组甲型猪流感 (H1N1) 和其他甲型猪流感病毒(2009 年 H1N1)之间的基因重组。[76][77]
病毒受体主要分布在人类的下呼吸道,高致病性禽流感(HPAI)H5N1病毒通过α 2,3链将唾液酸与受体的半乳糖结合。[74][75]据报道,这些受体在人类胃肠道也存在。[78]此外,除了受体的亲和力,特定的结构也影响病毒与上呼吸道受体的结合。[79]研究发现,从人类临床样本中分离的HPAI H5N1病毒也能结合到上呼吸道组织。[74][80]HPAI H5N1在下呼吸道进行了高效、长时间的病毒复制,诱发促炎细胞因子和趋化因子的反应,[81][82]导致肺毛细管渗漏、弥漫性肺泡损伤、急性肺损伤,最终进展为ARDS。已有报道指出,死亡病例中存在 HPAI H5N1 病毒血症,[82]也有记录表明,HPAI H5N1 病毒可通过播散感染脑组织、可在脑脊液中分离到、可感染胃肠道,而且胎盘和胎儿肺细胞中的病毒证明可发生母婴垂直传播。[23][83]也有报道称,患者出现过反应性噬红细胞作用。[83]
甲型禽流感病毒,包括HPAI H5N1病毒,可以通过不同的形式传播给人类。
直接接触(触摸)或密切暴露于患病或死亡的家禽或家禽产品,是人类感染禽流感病毒的最大风险。[19]
吸入传播(如吸入家禽粪便)也是从家禽传染给人类的一种途径。
直接接触含有HPAI H5N1病毒的污物(触摸或清理受感染的鸟类),间接(污染物)接触被禽类粪便或排泄物污染的界面,都认为是传播途径。
食用未煮过的家禽产品,包括受感染鸟类的血,在现场调查中被认为是一个潜在危险因素。但是HPAI H5N1 病毒能否感染胃肠道并不清楚。
根据分子结构和致病性的不同,甲型禽流感病毒株分为低致病性禽流感(LPAI)或高致病性禽流感(HPAI)。
大多数毒株属于LPAI病毒,在家禽中引起无或轻微症状感染。LPAI中的H6N1、H7N2 H7N3、H7N7 H7N9、H9N2、H10N7以及H10N8病毒株可以感染人类,临床可以表现为结膜炎,或非致命性上/下呼吸道感染,或严重的下呼吸道感染,甚至死亡(H7N9 H10N8)。[3][4][5][6][7][8]
迄今为止,已发现的高致病性禽流感病毒属于H5或H7亚型,在家禽中可引起严重的疾病。高致病性禽流感病毒感染人类后,临床表现从无症状到严重或致命疾病。已检测到的罕见散发性人类 HPAI 病毒感染病例有 H5N1、H5N6、H7N3 和 H7N7 病毒,引起从结膜炎 (H7N3、H7N7) 到重度肺炎和成人呼吸窘迫综合征 (ARDS) 的广泛疾病,甚至致命后果 (H7N7、H5N1、H5N6)。[9][10][11][12][13]
2014年,世界卫生组织/世界动物卫生组织/粮食及农业组织H5N1进化工作组修订了H5N1高致病性禽流感的命名法。[14]根据这个命名系统,在鸟类中传播的H5N1高致病性禽流感病毒株按分支、亚分支、谱系进行分类。[15][16]现在传播的 HPAI H5N1 病毒株包括分支和亚分支 1.1、2.1、2.2、2.3、7。[17]根据抗原特征进一步细分亚分支(例如 1.1.1、1.1.2、2.1.3、2a、2.3.2、2.3.4、7.2),它们继续发生抗原漂移。[14][18]这些抗原变化对疫苗研发有重要的影响。感染人类的分支包括 0、1、2 和 7。[19]HPAI H5N1 病毒继续会引起罕见、散发性人类感染,但可导致致命后果。[20]2005年以来,人感染的HPAI H5N1病毒大部分属于2分支病毒株。HPAI H5N1病毒株在受感染的鸟类中持续进化。
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