一级预防
目前正在研发新的鼠疫疫苗。[17]
在暴露前后口服多西环素和环丙沙星，可有效预防。[18]
涂抹驱虫剂（如 N,N-二乙基间甲苯甲酰胺 [DEET]）可预防跳蚤叮咬。
在城市地区可以通过灭鼠和建筑物防鼠来控制鼠群数量，但是控制野外鼠群数量是不实际的，所以根除鼠疫是不可能的。
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: 褐家鼠，也称为褐鼠、家鼠和阴沟鼠来源于 CDC 收集的图像资料；获准使用 [Citation ends].控制跳蚤是控制老鼠的重要辅助手段，因为失去自然食物来源后，跳蚤更有可能叮咬人类。
[Figure caption and citation for the preceding image starts]: 一只雌性印鼠客蚤，也称为东方老鼠跳蚤来源于 CDC 收集的图像资料；获准使用 [Citation ends].
鼠疫在人际间的传播很少见，但是肺鼠疫患者需要隔离。患者需要隔离至少 48 小时，直到临床症状改善。应该采取预防飞沫传播的措施。[4][14]
二级预防
肺鼠疫患者应该至少隔离 48 个小时，直到临床症状改善。
密切接触后（2 m 以内）应该接受暴露后预防。
所有鼠疫病例应按照本地要求进行报告。CDC: National Notifiable Diseases Surveillance System (NNDSS)Public Health England: notifiable diseases and causative organisms - how to report大量的肺鼠疫病例可能是生物恐怖主义行动造成的。
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