疾病非确定期患者的总体预后较好。该病急性期后的约 10 至 20 年,出现确定的慢性症状的风险将每年增加约 2% 至 3%。在慢性症状的该病中,较常见有心脏症状出现。克氏锥虫感染的复发可发生于有免疫抑制疾病的患者中。
若患者血清反应呈阴性,则达到治愈标准。患者获得血清阴性结果的时间长短取决于该病的分期:急性恰加斯病需 3 至 5 年;先天性感染需大约 1 年;近期慢性期需 5 到 10 年;而长期慢性期则需≥20 年。在该病慢性期,若血清滴度(血清学滴度≥3 稀度)可出现持续性和进行性降低现象,则可提示未来将出现血清反应阴性。在该病的任何进展阶段,阳性的寄生虫学检测都提示治疗失败。
尽管在哥斯达黎加、乌拉圭和巴西,有关于该病自愈病例的记载,但目前慢性恰加斯病自愈的病例很少见。
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